孤島と化した自宅から、ポニョの魔法で大きくしたおもちゃのボートを操縦し、宗介は母の元へと出発する。
しかし、燃料たるロウソクが底を尽き、ポニョも疲れて屋根の上で爆睡しているため、宗介は水につかり、ボートをバタ足で押し始める。
かなり頑張るが、そこは5歳児の悲しさ、根性で向こう岸にはどうにか辿り着くが、ポニョが目を覚ました頃には、長時間水に浸かっていたことによる体温低下で、宗介は死にかかっている。
ポニョ、意識の戻らない宗介を抱えて目的地に急ぐ。
だが、水から離れれば離れるほど、ポニョは自分が魚に戻ってしまうことに気づく。
ようやく辿り着いた目的地は水没していて、宗介の母親も老人たちも「生と死のはざま」にいる。
ポニョの両親は言う。「お前が命の水をこぼして魔法を使いまくったせいで、全ての境界はなくなってしまった。しかし人間は水に浸かったままでは生きられず、我々もまた陸上では生きられない。だから、どうしても宗介と一緒になりたければ、魔法を捨て、命の水を戻しなさい。そうして世界を元に戻し、はい、ここからは三択です」
１・完全に人間になるが、声を失う
２・逆に宗介の方を魚にする
３・成長できなくなる
宗介「…」
駿「３で」
宗介「…じゃあ、３で」
ポニョ「じゃあ３」
観客「いま何かノイズが…」大きいお友達「開き直りやがった…」
宗介「大人になったら、この経験をアニメにするよ」
駿「世界を救うため、しぶしぶ幼女を愛します」
観客「世界を救うためなら、しかたないな」大きいお友達「これが格の違いってやつか…」
